Rákóczi – és családja – a munkácsi vár ostroma után Bécsbe került, ahol a gyermeket édesanyjától, Zrínyi Ilonától is elszakították annak érdekében, hogy a Habsburgokhoz hű nemest neveljenek belőle. Ezek az erőfeszítések végül kudarcot vallottak, ugyanis a fejedelmet hiába vette gyámsága alá Kollonich Lipót akkori győri püspök – későbbi prímás –, hiába küldték őt a prágai jezsuitákhoz tanulni, a „rebellis hajlam” nem veszett ki belőle: már túlzottan önálló leánykérése is intő jel volt, I. Lipót azonban ennek dacára hazaküldte őt családi birtokaira, és kinevezte sárosi főispánnak. Rákóczi, miután visszatért Magyarországra, hamarosan barátságot kötött Bercsényi Miklós gróffal, az ő hatására pedig mindinkább szembekerült a bécsi udvar erőszakos központosító politikájával.
A tervezett felszabadító háború megindítására nemsokára alkalom is adódott, ugyanis a Hegyalján – éppen Rákóczi birtokán – 1697-ben felkelés robbant ki, a későbbi kuruc fejedelem azonban ekkor még visszautasította az elégedetlenkedők hívását, Bercsényi pedig a mozgalom leverésében is részt vett. A századfordulóra aztán a két arisztokrata arra az álláspontra jutott, hogy a Habsburg-ház elleni küzdelem külső segítség nélkül elképzelhetetlen, ezért a Wesselényi-féle összeesküvők és Thököly Imre nyomdokaiba léptek, vagyis – 1700 körül – felvették a kapcsolatot XIV. Lajos francia királlyal (ur. 1643-1715).
Rákóczi ugyanakkor bizalmas futárját igencsak rosszul választotta meg, mivel az általa kiszemelt Longueval eperjesi kapitány – aki rokonaihoz utazott nyugatra – a francia király és külügyminiszter számára írt üzeneteket megmutatta a bécsi titkosrendőrségnek, a válaszokat pedig szintén a császári udvar tudomására hozta. Rákóczi a Longueval körül rendezett elfogatási színjáték és a megkapott levelek nyomán mit sem sejtett az árulásról, 1701. április 18-án azonban váratlanul császári katonák jelentek meg nagysárosi kastélyában, akik letartóztatták, és Eperjesre, majd Bécsújhelyre vitték. Ezzel egy időben a még igencsak jelentéktelen „mozgalom” több másik tagját – Szirmay István ítélőmestert, Vay Ádámot, Okolicsányi Pált – is börtönbe vetették, míg mások – például Bercsényi – Lengyelországba menekültek. Rákóczi végzete látszólag beteljesedett, hiszen ugyanoda került, ahol egykor nagyapja, Zrínyi Péter is eltöltötte utolsó napjait, a vád pedig vele szemben is felségárulás volt, vagyis fővesztés várt rá; a szerencse és egy odaadó feleség kitartó küzdelme aztán végül mégis oda vezetett, hogy Rákóczi elkerülte a már biztosnak tűnő halálos ítéletet.
Hesseni Sarolta Amália hercegnő természetesen nem azzal ért el sikert, hogy meglágyította I. Lipót szívét – erre nem sok esélye lett volna –, viszont férje fogságának fél éve alatt minden – rokoni kapcsolataiból eredő – befolyását latba vetette Rákóczi kiszabadítására. Nem tudni, hogy a bécsi udvar állítólagos belső ellentétéből mennyi volt igaz – tudniillik, hogy Lipót belső köre, például gyóntatója is helytelenítette volna a fiatal arisztokrata kivégzését –, az mindenesetre tény, hogy Sarolta Amália sikeresen elhitette Gottfried Lehmann bécsújhelyi kapitánnyal, hogy szöktetési kísérlete mögött befolyásos emberek állnak. A feleség kitartó ostromának hála aztán 1701. november 7-ére Rákóczi börtönének falai – képletesen persze – leomlottak; ezen az éjszakán maga Lehmann kapitány és a parancsnok öccse keresték fel a foglyot, egy dragonyos öltözékét adták rá, majd szabadon bocsátották Bécsújhelyről.
Mire Bécsben fény derült a szöktetésre, az arisztokrata már messze járt a császárvárostól, Lipót pedig hiába próbálta tetemes vérdíjjal és fenyegetéssel kézre keríteni foglyát, nem járt eredménnyel. Rákóczi hamarosan csatlakozott a Lengyelországban tartózkodó Bercsényihez, a császár így csak Lehmann kapitányon tölthette ki szörnyű dühét, akit hóhérai megkínoztak, majd felnégyeltek. Sarolta Amália kitartásának és a kínhalált szenvedett börtönparancsnok önfeláldozásának hála II. Rákóczi Ferenc visszanyerhette szabadságát, és lehetőséget kapott arra, hogy újult erővel lásson hozzá a Habsburgok elleni szabadságharc előkészítéséhez.
